Молекулярные методы неоценимы для выявления патогенов пищеварительной системы и постановки правильного диагноза. Они незаменимы, когда выращивание микроорганизмов невозможно, технически сложно или длительно. Лабораторные исследования позволяют обнаруживать генетический материал микроорганизмов, что особенно важно в случае идентификации вирусов, медленнорастущих бактерий, бактериальных штаммов со схожими биохимическими характеристиками, паразитов или других атипичных микроорганизмов. Классическая реакция ПЦР позволяет дублировать уникальные фрагменты ДНК, характерные для конкретных патогенов, то есть их амплификацию с использованием фермента полимеразы.

Амплифицированные фрагменты ДНК становятся видимыми с помощью специальных красителей, а затем анализируются. Метод ПЦР в реальном времени, который представляет собой модификацию классической реакции ПЦР с использованием флуоресцентных зондов, позволяет обнаруживать продукт амплификации в ходе реакции. Метод позволяет оценить количество копий возбудителей, что позволяет отслеживать течение инфекции и эффективность лечения пациента. Время, необходимое для выполнения теста, относительно невелико, обычно несколько часов. Что касается методов культивирования, метод ПЦР в реальном времени показывает как более высокую чувствительность, так и специфичность. Когда исследуемый образец имеет низкую вирусную нагрузку или период выведения короткий, концентрация вируса может быстро упасть. Следовательно, вирус не может быть обнаружен никакими средствами, кроме ПЦР в реальном времени. Благодаря высокой чувствительности ПЦР анализ можно проводить на основе небольшого количества собранного материала.

Революция в лабораторной диагностике – это мультиплексная реакция ПЦР в реальном времени, которая идентифицирует генетический материал от нескольких до нескольких десятков патогенов за одну реакцию. Благодаря этому можно выявить сопутствующие инфекции (выявить большее количество возбудителей болезней) и выбрать соответствующее лечение. В случае классических методов обнаружение одного патогенного фактора часто приводит к прекращению дальнейшей диагностики, что не обязательно излечивает инфекцию.